RNA Modification and Processing

Was ist RMaP?

Der Transregio 319 RMaP ist ein Forschungsverbund der verschiedene Disziplinen verbindet:

Molekularbiologie, Biochemie, Zellbiologie, chemische Biologie, biophysikalische Chemie, Strukturbiologie, Entwicklungsbiologie, Genetik, Bioinformatik.

Die Mitglieder des wissenschaftlichen Gremiums

Aktuelle Publikationen des Sonderforschungsbereiches

Wierczeiko A, Pastore S, Mündnich S, Busch AM, Dietrich V, Helm M, Butto T, Gerber S. NanopoReaTA: a user-friendly tool for nanopore-seq real-time transcriptional analysis. Bioinformatics. 2023 Aug 7:btad492. doi: 10.1093/bioinformatics/btad492. Epub ahead of print. PMID: 37549052.

García-Vílchez R, Añazco-Guenkova AM, Dietmann S, López J, Morón-Calvente V, D’Ambrosi S, Nombela P, Zamacola K, Mendizabal I, García-Longarte S, Zabala-Letona A, Astobiza I, Fernández S, Paniagua A, Miguel-López B, Marchand V, Alonso-López D, Merkel A, García-Tuñón I, Ugalde-Olano A, Loizaga-Iriarte A, Lacasa-Viscasillas I, Unda M, Azkargorta M, Elortza F, Bárcena L, Gonzalez-Lopez M, Aransay AM, Di Domenico T, Sánchez-Martín MA, De Las Rivas J, Guil S, Motorin Y, Helm M, Pandolfi PP, Carracedo A, Blanco S. METTL1 promotes tumorigenesis through tRNA-derived fragment biogenesis in prostate cancer. Mol Cancer. 2023 Jul 29;22(1):119. doi: 10.1186/s12943-023-01809-8. PMID: 37516825; PMCID: PMC10386714.

Koch J, Neuberger M, Schmidt-Dengler M, Xu J, Carneiro VC, Ellinger J, Kriegmair MC, Nuhn P, Erben P, Michel MS, Helm M, Rodríguez-Paredes M, Nientiedt M, Lyko F. Reinvestigating the clinical relevance of the m⁶A writer METTL3 in urothelial carcinoma of the bladder. iScience. 2023 Jul 11;26(8):107300. doi: 10.1016/j.isci.2023.107300. PMID: 37554463; PMCID: PMC10405067.

Iyer KV, Müller M, Tittel LS, Winz ML. Molecular Highway Patrol for Ribosome Collisions. Chembiochem. 2023 Jun 29:e202300264. doi: 10.1002/cbic.202300264. Epub ahead of print. PMID: 37382189.

Yan L, Yin Z, Zhang H, Zhao Z, Wang M, Müller A, Kallenborn F, Wichmann A, Wei Y, Niu B, Schmidt B, Liu W. RabbitQCPlus 2.0: More Efficient and Versatile Quality Control for Sequencing Data. Methods. 2023 Jun 15:S1046-2023(23)00099-3. doi: 10.1016/j.ymeth.2023.06.007.  PMID: 37330158.

Fradera-Sola A, Nischwitz E, Bayer ME, Luck K, Butter F. RNA-dependent interactome allows network-based assignment of RNA-binding protein function. Nucleic Acids Res. 2023 Jun 9;51(10):5162-5176. doi: 10.1093/nar/gkad245. PMID: 37070168; PMCID: PMC10250244.

Zhang H, Song H, Xu X, Chang Q, Wang M, Wei Y, Yin Z, Schmidt B, Liu W. RabbitFX: Efficient Framework for FASTA/Q File Parsing on Modern Multi-Core Platforms. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2023 Jun 5;20(3):2341-2348. doi: 10.1109/TCBB.2022.3219114. Epub 2023 Jun 5. PMID: 36327193.

Rücklé C, Körtel N, Basilicata MF, Busch A, Zhou Y, Hoch-Kraft P, Tretow K, Kielisch F, Bertin M, Pradhan M, Musheev M, Schweiger S, Niehrs C, Rausch O, Zarnack K, Keller Valsecchi CI, König J. RNA stability controlled by m⁶A methylation contributes to X-to-autosome dosage compensation in mammals. Nat Struct Mol Biol. 2023 May 18. doi: 10.1038/s41594-023-00997-7. PMID: 37202476.

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