RMaP Nanopore Challenge

RMaP und die angeschlossenen Forscher erkennen die wachsende Bedeutung der nanoporenbasierten Sequenzierung in der RNA-Wissenschaft an. Hierbei ist nsbesondere die Identifizierung von RNA-Modifikationen in einzelnen Molekülen ist von aktuellem Interesse. Ein von vielen geteiltes Fernziel ist die Entschlüsselung verschiedener Modifikationen in langen RNA-Leseabschnitten, was allgemein als Türöffner für eine neue und lohnende Facette der Epitranskriptomik anerkannt wird.

Uns ist bekannt, dass viele Kollegen ähnliche oder ganz eigene Ansätze für das gemeinsame Problem der Erweiterung des chemischen Repertoires von Pentanukleotid-Permutationen entwickeln, die die Signalform und das Auslesen von Informationen in dieser Technologie entscheidend bestimmen. Sobald dies auf molekularer Ebene erreicht ist, wird das korrekte Aufrufen von Basen und Modifikationen neue bioinformatische Konzepte und Werkzeuge erfordern. Da die Gemeinschaft nicht auf kommerzielle Entwicklungen warten kann, bieten gemeinsame und gezielte, jedoch wettbewerbsorientierte Anstrengungen einen vielversprechenden Vektor, um die oben definierten gemeinsamen Ziele zu erreichen.

Das RMaP-Konsortium ist in der Lage, von solchen Entwicklungen zu profitieren und möchte sie daher fördern. Wir haben daher beschlossen, einen Wettbewerb zu starten, dessen erste Ausgabe darauf abzielt, den erfolgreichsten Ansatz zur Datenaufbereitung von Datensätzen zu ermitteln, die auf dieser Website zum Download angeboten werden.

Wir haben zwar von einer kleinen Zahl an Gruppen, die in diesem Bereich tätig sind, positive Rückmeldungen erhalten, möchten aber so viele Kollegen wie möglich einbeziehen und eine Plattform zur internen Diskussion und möglicherweise mit einschlägigen Unternehmen bieten. Das genaue Format des Wettbewerbs ist daher noch nicht vollständig festgelegt, um Ihnen als Teilnehmer die Möglichkeit zu geben, ihn selbst mitzugestalten.

Der grobe Ablauf ist wie folgt:

Datensätze und entsprechende Aufgaben können von registrierten Teilnehmern eingereicht werden, sofern sie eine Reihe von Plausibilitätskriterien erfüllen. Die Daten und Aufgaben werden auf diese Website hochgeladen und den registrierten Teilnehmern zur Verfügung gestellt, die innerhalb eines bestimmten Zeitrahmens eine Lösung einreichen sollten. Die eingereichten Lösungen werden von den teilnehmenden Labors überprüft und bewertet, die natürlich nicht an ihrer eigenen Aufgabe teilnehmen können, aber an den Aufgaben anderer Labors mitwirken können.

Wir planen derzeit mindestens zwei Aufgaben, für die Daten gemäß dem folgenden (vorläufigen) Zeitplan verfügbar sein werden:

Anmeldeschluss: 30. Juni 2023 -Geschlossen-

Hochladen der Aufgabe: 31. Juli 2023

Download der Challenge-Daten offen: 31. August 2023

Upload der Lösung: 30. September 2023

Veröffentlichung der Ergebnisse: Ende 2023

Gemeinsame Veröffentlichung: im Jahr 2024

Wir werden auch eine Art wissenschaftliches Gremium für die gemeinsame Entscheidungsfindung einrichten. Einzelheiten werden noch bekannt gegeben.